Im Naturschutzgebiet Donauleiten findet man eine besondere Vielfalt an verschiedensten Lebensräumen mit vielen seltenen Pflanzenarten.

Hier leben typische Bergbewohner wie z. B. das Alpenveilchen neben Südländern wie der Pimpernuss (Staphylea pinnata; stark gefährdet).

In den Feuchtwiesen, am Hangfuß, findet man z. B. den Großen Wiesenknopf (Sanguisorba officinalis) oder den seltenen Kantenlauch (Allium angulosum).

Auf den warmen, trockenen Standorten sind an einigen Stellen noch Magerwiesen mit Wiesensalbei (Salvia pratensis) und der Heidenelke (Dianthus deltoides) zu finden.

Die warmen Waldsäume beherbergen Seltenheiten wie die aufrechte Waldrebe (Clemantis recta) oder den Färberginster (Genista tinctoria).

In den kühl-feuchten Bachschluchten mit ihren sprudelnden Bergbächen fühlen sich Pflanzen wie die Mondviole (Lunaria) und der Wald-Geißbart (Aruncus dioicus) wohl.

Im Wald ist das bei uns seltene Alpenveilchen (Cyclamen purpurascens; gefährdet) oder auch das Leberblümchen (Hepatica nobilis) zu finden.

Farne wie der Nordische Streifenfarn (Asplenium septentrionale) oder den Gelappten Schildfarn (Polystichum aculeatum) findet man vor allem auf den kühl-feuchten Blockhalden.

Der Genfer Günsel (Ajuga genevensis) kommt bei uns in Deutschland nur an wenigen Stellen vor. Im Naturschutzgebiet wächst er auf den steilsten Felsbereichen. Er ist Trockenzeiger und besiedelt stickstoffarme Standorte.