Schutz gefährdeter Pflanzen
Die Donauleiten sind ein Lebensraum, der viele Jahrhunderte durch den wirtschaftenden Menschen geprägt wurde. Manche Bereiche, vor allem in Ortsnähe, sind stärker, andere weniger stark vom Menschen beeinflusst worden. Hier spielte vor allem die Holznutzung eine große Rolle. Vermutlich gab es früher auch schon lichte und schattige Bereiche in den Donauleiten, teils menschlichen, teils natürlichen Ursprungs.
Wald
Die Waldnutzung heutzutage ist kaum mehr vorhanden, weil es sehr beschwerlich ist, Holz in den Leiten zu ernten. Hinzu kommen Mineralstoffeinträge über die Luft, die eine höhere Verschattung durch die Bäume bewirken. Bevor natürliche Prozesse für mehr Licht im Wald sorgen, muss eingegriffen werden. Denn es gibt viele gefährdete Pflanzenarten, die Licht benötigen. Gerade blühende Pflanzen sind wichtige Bausteine des Insektenlebensraums.
Alten Chroniken ist zu entnehmen, welche heute z.T. fast ausgestorbene Pflanzenarten in den Donauleiten vorgekommen sind. An einigen Stellen kommen sie jedoch noch im Gebiet vor. Einzelne Pflanzen oder ihre Samen werden entnommen und auf dem Gelände des Haus am Strom vermehrt. Nach erfolgreicher Nachzucht werden die Pflanzen oder ihre Samen an geeigneten Stellen im Gebiet ausgebracht. Damit sie sich an diesen Standorten halten können, werden diese freigestellt. Schattholzbaumarten werden gefällt. Ein Beispiel für eine gefährdete Waldart ist das Rote Waldvögelein.
Felsen
Ein typischer Lebensraum der Leiten sind die sehr steilen Felsen. Dort herrschen Trockenheit und warme Temperaturen. Nur spezialisierte Arten können hier überleben. Eine typische Pflanze ist die Fetthenne, die wiederum Grundlage für den Fetthennen-Bläuling ist, einem Schmetterling, der vom Aussterben bedroht ist, aber hier noch vorkommt. Eine weitere Art, die ebenfalls vermehrt und ausgesät wird, ist der Berglauch.
Wiese
Ein kleiner Teil des Naturschutzgebietes (NSG) Donauleiten besteht aus Wiesen, die vom Landschaftspfelgeverband in Zusammenarbeit mit den ansäßigen Landwirten bewirtschaftet werden. Große Wiesenflächen liegen außerhalb des NSGs, vor allem in den ehemaligen Auenbereichen der Donau. Hier herrscht intensive Mähwirtschaft vor, sodass in erster Linie artenarmes, mesophiles Grünland vorzufinden ist. Bei einer extensiven Beweidung oder Mahd würden sich die Lebensbedingungen für seltenere Arten wie z.B. dem knolligen Mähdesüß verbessern.